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Pero en 1895, Jules Doinel, presumiblemente influenciado por el estafador Leo Taxil, súbitamente, abdica del patriarcado del movimiento por él creado, regresando al catolicismo romano. Esto provocó una relativa devastación de esta nueva iglesia que, no obstante, lograría sobrevivir bajo el control de un sínodo de obispos hasta 1896. Se eligió, para sustituir a Doinel como patriarca a Fabre des Essarts quien, conjuntamente con Louis-Sophrone Fugairon, estudioso del catarismo y el templarismo, inició una campaña para «enfatizar la teología gnóstica» en el movimiento creado, y renombró a continuación la institución, que pasó a llamarse entonces Iglesia Gnóstica Universal. Jean Bricaud dando un golpe de timón la encabezará más tarde y, junto a Fugairon y Gérard Encausse, la renombrarácomo Iglesia Católica Gnóstica, aunque en 1908 retomarán el antiguo nombre de Iglesia Gnóstica Universal. La Iglesia Católica Gnóstica será el nombre que, no obstante, mantendrá Theodor Reuss, Peregrinus, quien fuera investido por Encausse en 1908 y que independizará su rama alemana, entre los años 1918 y 1920. Bricaud, al recibir la sucesión de Joseph-René Vilatte en 1913, aportó a su iglesia el linaje episcopal que refrendaba a su estructura.

Louis François Giraud, proveniente del mismo linaje de Vilatte, transmitió el episcopado a Constant Chevillon, Tau Harmonius, quien murió por sus creencias durante la segunda guerra mundial. En 1944, tras la muerte de Chevillon, la Iglesia Gnóstica Universal continuó su actividad bajo Charles-Henry Dupont, Tau Charles-Henry. Este renuncia en favor de Robert Ambelain, Tau Robert, quien había recibido la transmisión episcopal de Roger Menard, vía Victor Blanchard y el mismo Bricaud. Ambelain por su parte organizaría en 1960 su Iglesia Gnóstica Apostólica a través de las líneas sucesorias cruzadas con Pedro Freire, Tau Pierre, que pasa a caminar asociada con la Iglesia Gnóstica Universal. Sin embargo, ambas en 1978, se convertirán en organizaciones internacionales tras la renuncia al patriarcado por parte de Fermín Vale Amesti, Tau Valentinus iii.